《意见》围绕解决医药领域突出问题，坚持标本兼治、协同联动，从药品生产、流通、使用全链条、全流程发力提出了系统改革措施。
国务院医改办有关负责人表示，新一轮医改启动以来，药品行业改革逐步深化，基本药物制度初步建立，公立医院药品集中采购政策不断完善，分类采购有效开展，保证了药品供应，降低了药品价格，群众用药负担有所减轻。但由于历史原因，药品行业“多小散乱差”的局面尚没有根本改变，药品质量参差不齐、流通秩序混乱、价格虚高、药物滥用等问题仍比较突出。《意见》在促进合理用药、降低群众医药费用负担方面采取以下措施。
一是进一步破除以药补医机制，全面推开公立医院综合改革，取消药品加成，理顺医疗服务价格，落实政府投入责任，加快建立公立医院补偿新机制。对各地医药费用增长幅度进行量化管理，并落实到具体医疗机构。2017年，全国公立医院医疗费用平均增长幅度控制在10%以下。
二是促进合理用药。公立医院要全面配备、优先使用基本药物。医疗机构将药品采购使用情况作为院务公开的重要内容，每季度公开药品价格、用量、药占比等信息，对不合理用药的处方医生进行公示和约谈。卫生计生部门将对医疗机构药物合理使用情况进行考核排名，考核结果与院长评聘、绩效工资核定等挂钩。
三是大力推进医保支付方式改革，发挥医保对药费的控制和监督制约作用。
四是充分发挥药师在合理用药方面的作用。
药品流通企业购进药品，应主动向药品生产企业索要发票，发票必须由药品生产企业开具。到货验收时，应验明发票、供货方随货同行单与实际购进药品的品种、规格、数量等。核对一致并建立购进药品验收记录，做到票、货、账相符。
