“两票制”就是说药品从生产企业到流通企业开一次发票，流通企业到医疗机构开一次发票，目的是压缩药品流通环节，使中间加价透明化，进一步推动降低药品虚高价格，减轻用药负担。《通知》要求，综合医改试点省、区、市和公立医院改革试点城市的公立医疗机构要率先执行“两票制”，鼓励其它地区推行“两票制”。2017年进一步扩大“两票制”实施范围，争取2018年在全国推开。
《通知》指出，药品生产、流通企业销售药品，应当按照发票管理有关规定开具增值税专用发票或者普通发票。流通企业购进药品，应主动向生产企业索要发票。公立医疗机构在药品验收入库时，必须验明票、货、账三者一致方可入库、使用，不仅要向配送药品的流通企业索要、验证发票，还应当要求流通企业出具由生产企业提供的进货发票证据，以便互相印证。
