一是建立部门合作会商机制。成立合作协调领导小组，负责统筹、审定和督导检查两部门食用农产品质量安全监管合作事项，研究解决监管职能交叉、监管空白等问题。协调小组组长由两部门分管食用农产品质量安全监管工作的局级领导担任，成员由相关业务处室负责人担任。协调领导小组根据需要召开会议，讨论审定相关事项并以会议纪要形式明确。成立协调小组联络组，联络组负责相关事项的提出、协调小组审定事项的落实，向协调领导小组报告工作进展。联络组组长由两部门食用农产品质量安全监管相关处室负责人担任，两部门分别指定专人任联络员，加强日常联络协调。联络组根据需要适时召开会议会商相关事项。
二是建立质量监管合作机制。探索建立生产环节和流通环节的监管衔接机制，两部门共同推动建立产地准出、市场准入食用农产品管理的衔接机制，加强生产环节和流通环节的监管衔接，全面落实食用农产品生产经营者质量安全主体责任；推动建立食用农产品质量安全追溯体系，两部门共同研究构建贯通食用农产品质量安全追溯体系，市经贸信息委负责建设食用农产品进入批发、零售市场或生产加工企业前的质量安全追溯体系，市市场和质量监管委负责建设进入流通环节后的质量安全追溯体系；加快形成监管执法合作机制，两部门根据需要开展联合执法，加强执法协作，促进行政执法和刑事司法衔接，治理整顿食用农产品质量安全突出问题。加强应急管理合作，开展食用农产品质量安全突发事件应急处置合作和经验交流。
三是建立监管资源共享机制。两部门互相为对方根据监管工作需要使用食用农产品质量安全检验检测资源提供便利。两部门及时向对方通报食用农产品质量安全风险监测和评估、违法案件信息和其他日常监督管理信息。
