《办法》指出，考核工作要坚持目标导向、问题导向和结果导向，遵循客观公正、突出重点、奖惩分明、注重实效的原则，考核内容细化了组织领导、“四有两责”、综合治理、社会共治等四个重要方面的落实情况，有针对性地提出了一段时期内需要重点加强和推进的工作，并可根据年度食品安全重点工作进行调整。规定考核工作应当明确一定数量的创新指标作为加分项，鼓励基层大胆探索、积极创新，为解决食品安全突出问题蹚路子、创经验。
《办法》规定，考核采取自查自评与现场考核相结合的方式，一般在每年的12月上旬进行，与国家开展年度考核的时间相衔接，也给我省迎接国家考核留出充足的准备时间。考核步骤在原来基础上增加了上报整改报告的环节，要求被考核单位在考核结果通报后一个月内，向省食安办报告整改措施和时限，督促整改问题。考核采用百分制，结果分为优秀、良好、合格、不合格四个等级，并实行“一票否决”。
《办法》明确，考核结果由省食安委通报各市人民政府，并交由干部主管部门，作为对各市政府和成员单位领导班子、领导干部进行综合考核评价以及实行奖惩的重要参考。对考核结果为优秀的，由省食安委予以表彰；对考核结果为不合格的，由省食安委约谈该市政府或成员单位有关负责人，建议取消该市政府或成员单位省年度目标责任考核优秀资格。考核中发现需要问责的问题线索移交纪检监察机关。
