据台湾《中国时报》报道，面对可能的有机风暴，有机农产品业者爆料，台湾有机产品认证的把关根本“不严”，从土地的隔离、水源、肥料、认证机制，都有非常多的漏洞，每一个环节确实都有爆发问题的可能。
目前台湾一年有机农产品的产值约30亿元(新台币，下同)，某大型有机农产品业者指出，台湾有机农产品种植面积6000公顷，但可种植面积达81万公顷，现在开发面积仅7.4%，有机产品的认证数目其实还不算泛滥，问题在认证把关的过程相当松散，让许多号称“有机”的产品其实“不有机”。
业者指出，目前“农委会”授权的合法CAS标章有机认证单位，包括中兴大学、成功大学、慈心等共十几个。可是这些机构就和食品GMP认证一样，一年只到现场抽验2次，次数根本不够。
业者说，有机产品生产流程，充满太多污染的管道，所谓有机产品，就是不能有农药与重金属残留。但他质疑，台湾有机产品认证规定，有机田地与非有机田的隔离带却只需6公尺，现在喷洒农药都采动力喷射，用小发财车沿路喷，只要风一大，很容易就污染到旁边的有机农田。
第二是“有机转型”的灰色地带漏洞。业者说，从非有机农地转成有机农地，中间转型期约2至3年，种出来的农产品才可以说没有农药残留。但是，事实上，很多转型期生产的农产品，早都已经打着有机招牌在卖，这能说是安全的有机产品吗?
此外，有机产品需要用有机肥料施肥，但许多有机业者都偷偷用化学肥料，也就是如硫酸氨、尿素，这些石油产品附加物生产的肥料，很难被检出。也有许多小农为节省经费，拿鸡粪当有机肥，但鸡粪内含抗生素，很容易就产生病菌。
而就算完全没有被农药污染，但如果水源不干净也没用?业者指出，像台南北门、云林口湖的地下水源，都检测出有重金属的砷污染，但当地的有机小农都是抽低于警戒线的地下水灌溉，安全令人忧虑。
